Almada já estava no coração do Pastor João António Marques desde 1962. Sendo Pastor da II Igreja Baptista de Lisboa, sentiu no seu coração que o povo almadense também precisava de conhecer o evangelho de nosso Senhor Jesus Cristo, na sua pureza, através da leitura e pregação da Palavra de Deus, a Bíblia. Começou a procurar um lugar onde pudesse reunir um grupo de pessoas interessadas no evangelho. Conseguiu encontrar um prédio acabado de construir na rua das Torcatas. A princípio parecia ser um lugar muito remoto, mas o pastor João António Marques conseguiu ver para além do tempo presente e viu que aquele prédio um dia estaria rodeado de muitos e maiores prédios. Por isso, avançou com o processo, e no dia 28 de Novembro de 1962 assinava o contrato de arrendamento de um armazém que se destinava à realização de cultos evangélicos. No dia 12 de Dezembro, o contrato foi revisto, tendo-se acrescentado uma cláusula que permitia à inquilina, neste caso a Igreja, a realização de obras sempre que fosse necessário.

Realizadas as obras de adaptação para o culto, o salão foi inaugurado com um culto especial de Dedicação, no dia 17 de Março de 1963. Neste dia esteve presente, como pregador convidado, o Pastor António dos Santos. A casa estava repleta com 127 pessoas, vindas de várias igrejas vizinhas e irmãs. Mas também estavam pessoas de Almada. Durante toda a semana realizaram-se cultos especiais de evangelização com uma assistência que variou entre os 35 e os 103. Entretanto, a PIDE encerrou as portas por achar que se tratava de um movimento perigoso para a nação. Porém, Deus é todo poderoso e ajudou o seu povo na reabertura um mês depois, no dia 28 de Abril, onde estiveram presentes 97 pessoas. A partir de Maio as actividades passaram a ser regulares com Culto de Pregação às Quartas-feiras, pelas 21 horas, e aos Domingos a Escola Dominical às 16 horas e o Culto Devocional às 17 horas.

O segundo ponto alto na vida deste trabalho aconteceu logo no mês de Agosto quando, no dia 11, foram baptizados os primeiros membros de Almada. Havia um grande entusiasmo na Obra de Deus, porque o Senhor estava a acrescentar à Sua Igreja aqueles que íam sendo salvos pelo Seu poder e graça. 15 dias depois, realizou-se outro culto de baptismos, com mais 4 pessoas que decidiram dar, publicamente, o seu testemunho de fé. No mês de Julho, entretanto, já se tinham realizado dois cultos de baptismos de outras igrejas Baptistas. Toda a alegria se manifestava na vida da igreja, promovendo campanhas de evangelização com regularidade. Assim, no ano de 1964, no mês de Junho realizaram-se mais dois cultos de baptismos. E a igreja ía crescendo. No entanto, ainda eram considerados uma missão do trabalho da II Igreja Baptista de Lisboa. Mas no dia 3 de Outubro de 1965, o grupo de irmãos de Almada decidiu organizar-se em Igreja independente e autónoma. Nesse dia estiveram presentes 130 pessoas, vindas de vários pontos do país para reconhecerem a novel igreja baptista.

Alguns anos mais tarde, no mês de Maio de 1987, era iniciado um novo trabalho missionário na cidade de Almada, mais propriamente na freguesia do Monte da Caparica, com a vinda de alguns crentes, resultado do trabalho da Igreja Baptista da Cascais e Rio de Mouro. A princípio, reuniam-se nas casas dos crentes, e eram liderados pelo Pastor Mário Jorge Ferreira Marques. Posteriormente, conseguiram comprar umas instalações sitas na Rua da Bela Vista, nº 25, mais propriamente no denominado bairro branco. O trabalho começou a crescer e a Igreja Baptista de Queluz tomou a responsabilidade total, enquanto o Pastor Mário Jorge era chamado para pastorear outra igreja. Entretanto, passou por ali o Pastor António Miguel Pires, que estava a preparar a sua viagem para Moçambique como missionário da Convenção Baptista Portuguesa, pastoreando o trabalho apenas durante um ano. Em 1993, chega o Pastor Virgílio Barros a convite da missão e da Igreja Baptista de Queluz, por intermédio do seu Pastor João Rosa de Oliveira, para continuar o trabalho ali. O trabalho vai crescendo paulatinamente até que atingiu os 31 membros em 1997.

No dia 7 de Junho de 1997, deu-se um acontecimento histórico nesta cidade de Almada, pois os dois trabalhos baptistas uniram-se formando uma igreja só. O Pastor João António Marques estava no processo de se aposentar. Por conseguinte, foram encetadas diligências para que o Pastor Virgílio Barros tomasse conta do trabalho. Após deliberação das duas comunidades de crentes, o trabalho foi fundido num só, passando a igreja a ter mais dinamismo e alegria em servir ao Senhor nesta cidade. O Senhor continua a acrescentar à igreja pessoas que vão sendo salvas, até que neste momento, depois de muitos altos e baixos e passados 44 anos de trabalho nesta cidade, a igreja tem 82 membros. As instalações já são exíguas para comportar as cerca de 100 pessoas que se reúnem dominicalmente na casa de oração. Que Deus seja louvado pela salvação que Ele operou e opera na vida de muitas pessoas.